Autor, budując sieć połączeń pomiędzy leksjami, określa pole, w obrębie którego ma poruszać się czytelnik. Kiedy jednak w tej zdefiniowanej przez autora strukturze pojawi się link prowadzący na zewnątrz pracy, wtedy już tylko od czytelnika będzie zależało, czy wróci on z powrotem do miejsca, z którego wyszedł, czy też nie. Poza tym, rozpoczynając lekturę hipertekstowej pracy, czytelnik sam decyduje o tym, jak wykorzysta to, co przygotował autor. Dlatego, bardzo dużą rolę odgrywa w pracy naukowej zbudowanie właściwej nawigacji we wcześniejszych etapach przygotowywania. W zależności od stopnia skomplikowania hipertekstu nawigacja lub jej brak będą wpływały na jakość odbioru. Więcej o tym w części
Niebezpieczeństwa.
Mając na uwadze możliwość fragmentarycznej lektury, która może oznaczać przeskakiwanie z leksji do leksji, należy również pamiętać o odmiennym niż w pracy ciągłej stylu tekstu oraz liczbie linków w nim zamieszczonych. Ich natłok utrudnia czytanie i może spowodować zagubienie się odbiorcy. Z tego powodu weryfikacja układu linków w pracy powinna zostać potraktowana bardzo
poważnie.
