Tworząc hipertekstową pracę napotykamy również niebezpieczeństwa. Do największych z nich należy źle skonstruowana nawigacja po publikowanym materiale lub jej brak. Przykładem znakomitej bazy wiedzy, która cierpi na brak przejrzystej struktury i nawigacji, jest poświęcona właśnie hipertekstowi część witryny
techsty.art.pl. Poruszanie po niej to skakanie pomiędzy leksjami bez świadomości, co będzie dalej.
Brak mapy, skutecznego mechanizmu wyszukiwania i efektywnych narzędzi nawigacyjnych utrudnia ogarnięcie zgromadzonych tam informacji. Jeśli do tego tekstu wejdziemy od środka, wówczas okaże się, że nie ma tu początku ani końca, a zaprezentowany spis zagadnień to za mało.
Zagubienie się i towarzyszący mu lęk nieznanej przestrzeni to rozwiązanie znakomite, ale w literackiej hiperfikcji, a nie w pracy o charakterze naukowym. Nawet, jeśli ma to być leksykon, to raczej powinien przyjąć postać bazy wiedzy na wzór Wiki niż formę, na której wyraźne piętno odcisnęła specyfika programu
Storyspace. Obecna forma prezentacji wiedzy w portalu Techsty utrudnia skupienie się na więcej niż kilku leksjach. Być może następne pokolenia internautów, przyzwyczajone od dziecka do pofragmentowanego przekazu informacji, pociętych teledysków, będą potrafiły lepiej się w tym odnaleźć, ale na dziś w publikacji o charakterze naukowym jest to przeszkodą. Doświadczył tego zresztą już w 1986 roku Stuart Moulthrop, prezentując studentom cyfrową wersję
Ogrodu o rozwidlających się ścieżkach Borghesa (Moulthrop 1991).
Kolejnym problemem związanym z wykorzystaniem w naukowym hipertekście źródeł z Internetu jest kwestia ich wiarygodności, którą niejednokrotnie sami musimy zweryfikować. Zbierając materiały, często okazuje się również, że nagle mamy dostęp do bardzo dużej ilości informacji, których opracowanie staje się nierealne. Dlatego pracując z Internetem, trzeba nauczyć się trudnej sztuki rezygnacji. Można ewentualnie umiejętnie uchylić drzwi do tego, z czego zrezygnowaliśmy, poprzez wstawienie odpowiednich linków.
Obok niebezpieczeństw związanych z nawigacją, największą pułapką jest fakt, że Internet żyje i wobec czego link, który jeszcze dwa miesiące temu działał, może się zdezaktualizować lub prowadzący do niego materiał w ogóle zniknąć. Tak stało się z pracą
O powieściach hipertekstowych Katarzyny Stobrawy, po której pozostał jedynie
ślad w indeksie wyszukiwarki Google.
